Program  Magister atau Strata 2 (S2), merupakan program pendidikan tinggi  Lanjutan setelah Sarjana atau Strata 1 yang diarahkan pada peningkatan penguasaan teori dan analisis mendalam terhadap keahlian tertentu, program ini dirancang untuk menciptakan lulusan yang secara eksperimen dan empirik mampu menerapkan metodologi-metodologi yang baik sesuai dengan bidang ilmunya masing-masing.

Jumlah SKS (Satuan Kredit Smester) yang harus di tempuh jenjang S2, kurang lebih antara 36-72 SKS dengan lama masa studi 48 Semester (2 Tahun).

Gelar yang akan di dapat bagi lulusan Strata 21 (S2) adalah Magister (M...) Sesuai jurusan yang diambil. Penyematan gelar disematkan setelah gelar S1.

Program magister memiliki beberapa karakteristik seperti :
- Masa studi berkisar 2 sampai 3 tahun.
- Mendapatkan pendalaman teori yang kuat
- Memiliki kemampuan penerapan metodologi riset dan analisis mendalam
- Mampu mempublikasikan hasilnya itu di jurnal yang terakreditasi maupun jurnal internasional
- Tugas akhir berupa THESIS
- Bergelar Magister sesudah lulus.


Program Magister (S2), yang tersedian di UIKA Bogor antara lain:
 

Program Sekolah Pascasarjana :
>> Program Studi Magister Pendidikan Islam : Gelar Akademik (M.Pd.)
>>Program Studi Magister Ekonomi Syariah : Gelar Akademik (M.E.)
>>Program Studi Magister Manajemen : Gelar Akademik (M.M.)
>>Program Studi Magister Teknologi Pendidikan : Gelar Akademik (M.Pd.)
>>Program Studi Magister Hukum Bisnis : Gelar Akademik (M.H.)

Program  Doktor atau Strata 3 (S3), merupakan program pendidikan dengan jenjang tertinggi  setelah Magister atau Strata 2 yang diarahkan pada peningkatan penguasaan teori dan analisis mendalam terhadap keahlian tertentu, program ini dirancang untuk menciptakan lulusan yang secara eksperimen dan empirik mampu menerapkan metodologi-metodologi yang baik sesuai dengan bidang ilmunya masing-masing.

Jumlah SKS (Satuan Kredit Smester) yang harus di tempuh jenjang S3, kurang lebih antara  42 SKS,  dengan lama masa studi 48 antara 3 - 5 tahun.

Gelar yang akan di dapat bagi lulusan  Strata 3 (S3) adalah Doktor (Dr...) Sesuai jurusan yang diambil. Penyematan gelar disematkan setelah didepan sebelum nama.

Program Magister (S3), yang tersedia di UIKA Bogor antara lain:
* Program Sekolah Pascasarjana :
- Program Studi Doktor Pendidikan Islam : Gelar Akademik (Dr.)
- Program Studi Doktor Ekonomi Syariah : Gelar Akademik (Dr.)